Інститут був заснований наказом 25 листопада 1964 року. Заснував його видатний український вчений, академік, професор Левко Іванович Медведь.
Основна ідея, нова на той час — це ідея комплексного вивчення хімічних впливів на здоров’я людини. Вана залишається актуальною і нині. Саме з цією метою був заснований ВНДІГІНТОКС, в якому на науковій і практичній базі поєдналися чотири основних розділи екогігієни і токсикології пестицидів, полімерів і пластичних мас — це токсикологія, гігієна, аналітична хімія і клініка. Завдяки такому комплексному поєднанню цих наук Інституту вдалося не просто здобути авторитет у науковому світі, а й зробити багато для захисту здоров’я людей від негативного впливу всього того, що створено людиною в хімічній галузі.
У першу чергу, звичайно, це пестициди, хімічні речовини промислового використання, глобальні забруднювачі. Геніальне передбачення засновника і першого директора Інституту Медведя Левка Івановича щодо тих проблем, які буде мати людство в зв’язку з тотальною хімізацією народного господарства, а особливо сільського господарства, дало змогу нашим вітчизняним вченим бути першими в цій галузі, у галузі наукового обґрунтування захисту здоров’я людей від хімічних речовин.
Одна людина, навіть така геніальна, як Левко Іванович Медведь, не змогла б зробити того, що зроблено Інститутом. Саме завдяки його соратникам, корифеям, таким як д.м.н., проф. Є.О. Антонович, д.м.н. В.П. Безуглий, д.м.н., проф. Г.О. Білоножко, д.м.н. А.В. Болотний, к.м.н. B.C. Бурий, д.м.н. Т.Д. Зорьєва, д.м.н., чл.-кор. НАН і АМН України, проф. Ю.С. Каган, д.б.н., проф. М.А. Клісенко, д.м.н. М.Г. Кокаровцева, д.м.н., проф. У.А. Кузьмінська, д.м.н. М.М. Кузьменко, д.б.н. А.Й. Курінний, д.м.н. Є.О. Мельникова, д.м.н. І.Г. Мізюкова, д.м.н., проф. М.Ф. Мотузинський (директор інституту у 1989-1993 pp.), д.м.н. Н.Д. Мухтарова, д.м.н., проф. О.В. Павлов (директор Інституту у 1982-1989 pp.), д.м.н., проф. В.Ю. Петрунькін, д.х.н., проф. В.М. Поляков, д.м.н. Г.О. Родіонов, д.м.н. Р.Ю. Сова, д.м.н., проф. К.І. Станкевич, д.б.н. Б.Й. Чайкіна, д.м.н. В.О. Шефтель та багато інших була створена наукова база створення системи профілактичних заходів щодо безпечного застосування пестицидів, агрохімікатів, полімерних і пластичних мас. Наукова школа ЕКОГІНТОКСу, сьогодні відома не тільки в Україні та територіях колишнього Союзу, а відома в Європі і світі.
З моменту створення Інститут став головною установою Міністерства охорони здоров’я з проблем екогігієни і токсикології, професійної та екологічно залежної патології, підготовки та наукового обґрунтування проектів законодавчих актів, які мають першочергове значення для нормативно-правового забезпечення охорони здоров’я населення.
Донині основними напрямами роботи Інституту є
дослідження механізмів токсичної і селективної дії хімічних речовин;
вивчення біологічних закономірностей впливу шкідливих факторів на організм;
дослідження комбінованої дії факторів навколишнього середовища;
вивчення джерел забруднення навколишнього середовища, кількісна і якісна оцінка формування фонового забруднення з позицій їх впливу на організм людини;
дослідження ризику віддалених ефектів дії;
проведення досліджень для потреб державних випробувань (гігієнічні та токсикологічні аспекти);
розробка методів контролю в об’єктах довкілля та продуктах харчування;
дослідження безпечності для здоров’я людини біотехнологічної продукції;
розробка методичних основ моніторингу навколишнього середовища та стану здоров’я населення (з урахування екологічних умов);
вивчення проблем організації санітарно-гігієнічного та протиепідемічного забезпечення населення в умовах природних, техногенних і соціальних катастроф та інше.
Наукова та експертна діяльність ЕКОГІНТОКСу становить чітку систему комплексних токсикологічних, гігієнічних, хіміко-аналітичних і клінічних досліджень, спрямованих на вивчення багатоаспектної взаємодії організму людини з довкіллям. Розвивається створена Інститутом система токсиколого-гігієнічної регламентації та постреєстраційного моніторингу пестицидів, агрохімікатів, забруднювачів довкілля, що мігрують із полімерних речовин, яка по суті є національним надбанням України.
Фахівці Інституту активно працюють та відіграють провідну роль у підготовці та науковому обґрунтуванні проектів законодавчих актів, що забезпечують охорону здоров’я населення України. Зокрема Закони та законопроекти що стосуються охорони навколишнього природного середовища, забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя населення, якості та безпеки харчових продуктів та продовольчої сировини, основи законодавства України про охорону здоров’я населення, про пестициди та агрохімікати, про державну санітарно-гігієнічну експертизу, про державне соціальне медичне страхування, про соціальне страхування від нещасних випадків на виробництві і профзахворювань, про державну наукову експертизу та інші.
Законодавчо закріплена і впроваджена в господарську практику концепція щодо визначення спеціальних сировинних зон для виробництва продуктів дитячого та дієтичного харчування.
Важливим, соціально спрямованим етапом розвитку сучасної токсикологічної науки є створення концепції регламентування хімічних речовин з урахуванням вікової чутливості та впливу на найбільш вразливих особин популяції. Її впровадження в практику гігієнічного регламентування матиме важливий соціальний ефект з точки зору захисту здоров’я народу України. Ряд положень цієї концепції враховані експертами ЄС при розробці нових критеріїв безпечності харчових продуктів.
Понад 10 років триває дієва співпраця з Міжнародною радою з аналітичної хімії пестицидів (СІРАС). Починаючи з 1995 р. на з’їзді цієї організації надається щорічна доповідь стосовно теоретичних та прикладних питань газо-рідинної хроматографії, проблем розробки і впровадження в практичну діяльність сучасних методів хіміко-аналітичного визначення мікрокількостей пестицидів в об’єктах довкілля, сільськогосподарській сировині, продуктах харчування.
Інститут тісно співпрацює з Програмою ООН з довкілля (UNEP) та долучається до роботи Комісії Кодексу Аліментаріус. Експерти ЕКОГІНТОКСу співпрацюють із Всесвітньою Організацією Охорони Здоров’я. У 1996 році на базі Інституту проходило засідання Постійного Комітету ВООЗ у Європі. Захід ВООЗ такого рівня і представництва проводився на терені колишнього СРСР та країн Східної Європи вперше. Починаючи з 1996 року науковці нашої установи щорічно представляють доповіді на підсумкових конгресах Європейського товариства токсикологів – EUROTOX та Всесвітніх токсикологічних конгресах.
На сучасному етапі одним із провідних напрямків наукової діяльності Інституту є наукове обгрунтування найбільш актуальних проблем токсикології і гігієни. В першу чергу це стосується таких ксенобіотиків, як стійкі органічні забруднювачі – пестициди, поліхлоровані біфеніли та поліхлоровані дібенозодіоксини, споріднені до них сполуки, харчові добавки та полютанти харчових продуктів тощо.
З 1998 року за дорученням Уряду Інститут брав участь в розробці Міжнародної конвенції про заборону стійких органічних забруднювачів, розробляв основоположні критерії віднесення хімічних полютантів до стійких органічних забруднювачів. Конвенція була прийнята у Стокгольмі у 2001 році. З цього ж року ЕКОГІНТОКС активно співпрацює з Міжнародною радою по стійких органічних забруднювачах. ЕКОГІНТОКС бере участь у діяльності Міжнародного інституту наук про здоров’я, зокрема в програмі розробки нових токсиколого-гігієнічних критеріїв безпечності харчових продуктів, здійсненої за дорученням Європейського Союзу, в результаті якої були обґрунтовані основні підходи щодо гармонізації вітчизняного законодавства та нормативно-правового забезпечення санітарних заходів відповідно до угод України із Світовою Організацією Торгівлі та Європейським Союзом. Експерти Інституту постійно співпрацюють з делегаціями України на переговорах з СОТ і ЄС.
Завдяки активній співпраці Інституту з міжнародними організаціями та участі у наукових міжнародних форумах підтримується високий авторитет української науки у галузі гігієни, токсикології, екології, аналітичної хімії. Починаючи з 1996 року ЕКОГІНТОКС проводить цілий ряд національних і міжнародних конференцій, присвячених актуальним питанням гігієни, токсикології, екології, аналітичної хімії.
З перших років діяльності на базі ЕКОГІНТОКС ведеться активна підготовка кадрів вищої кваліфікації, кандидатів та докторів наук за спеціальностями гігієна, токсикологія, екологія, біохімія, імунологія та алергологія, генетика, нервові хвороби, соціальна гігієна та організація охорони здоров’я. Висококваліфіковану підготовку в закладі пройшли відомі сьогодні вчені з токсикології і гігієни 15 республік колишнього СРСР, Болгарії, Угорщини, Румунії, Польщі (усього було підготовлено понад 50 докторів і 140 кандидатів наук).
Приймаючи естафету попередніх поколінь, науковий колектив Інституту під керівництвом члена-кореспондента АМН України, доктора медичних наук, професора, заслуженого лікаря України, голови Товариства токсикологів України, експерта Всесвітньої організації охорони здоров’я, експерта-токсиколога Європейського Союзу Миколи Проданчука зустрічає сьогодення новими здобутками.
За роки своєї діяльності як державне підприємство ЕКОГІНТОКС зберіг свій кадровий потенціал, підтримує у належному стані весь майновий комплекс, плідно працює над виконанням своїх статутних завдань, займається благодійністю.
У ЕКОГІНТОКС збережена та розвивається наукова школа з комплексних досліджень в токсикології, гігієні, медичній екології та соціальній медицині, професійній та екологічно залежній патології, аналітичній хімії і хроматографії. Тільки з даних напрямків з 1994 року в Інституті під керівництвом співробітників Інституту успішно захищено 11 докторських та 33 кандидатських дисертацій, опубліковано понад 800 наукових робіт і 10 монографій, обґрунтовано і впроваджено у народне господарство понад 400 гігієнічних нормативів на ксенобіотики у повітрі робочої зони, атмосфері населених місць, воді водоймищ, ґрунті, харчових продуктах, розроблено понад 200 методів їх аналітичного контролю у цих середовищах і харчових продуктах.
За час свого існування ЕКОГІНТОКС зробив вагомий внесок у загальнодержавну справу охорони здоров’я населення. Поряд із розробкою теоретичних проблем токсикології і гігієни, має суттєві здобутки у вирішенні прикладних завдань охорони здоров’я і санітарно-епідеміологічної служби, зокрема у вивченні стану довкілля та здоров’я в різних регіонах України, обґрунтуванні методичних рекомендацій щодо санітарно-гігієнічної експертизи, гігієнічної класифікації пестицидів. Практично усі значні надзвичайні ситуації хімічного походження, в наслідок яких страждають люди, розслідуються спеціалістами Інституту.
Сьогодні колектив інституту спрямовує свої зусилля на вирішення новітніх науково-прикладних завдань, що відповідають сучасному стану світової науки. Це токсикогеноміка, генетично модифіковані організми, високочутливі методи дослідження полютантів у довкіллі, стійкі органічні забруднювачі, хімічні і біологічні засоби тероризму, допомога постраждалим у наслідок техногенних катастроф.
Наукову та практичну діяльність ЕКОГІНТОКС в означених галузях медицини органічно поєднує основна мета – профілактика захворювань. Саме від експериментального дослідження потенційно небезпечного фактору, через вивчення популяційних особливостей його дії до наукового обґрунтування законодавчих та нормативних актів у сфері охорони здоров’я.